Un 15 de junio del año 1963, se llevó a cabo la Sesión Ordinaria convocada por la Asamblea General Universitaria, en la que se sometió a consideración y fue aprobada por unanimidad, la creación del Instituto de Investigaciones Históricas; cuyos cimientos se consolidaron en 1962 cuando el gobernador del Estado, Dr. Norberto Treviño Zapata gran impulsor del proyecto universitario, promulgó el decreto 209 mediante el cual El Museo de Arqueología e Historia pasaba a ser dependencia de la Universidad. Esta cesión y traspaso incluía el reducido Centro de Investigaciones Históricas, organismo que se encargaba, entre otras muchas actividades, de publicar mensualmente un boletín de divulgación de la historia de Tamaulipas, así como valiosos acervos documentales históricos, que desde entonces formaron parte del patrimonio universitario.

Hay que recordar que la creación del Museo fue uno de los frutos más representativos del plan cultural encabezado por Treviño Zapata, quien se preocupó por perfilar una identidad estatal, redescubriendo y dignificando las ricas tradiciones características de nuestro pueblo, así como desempolvando el legado cultural e histórico que ofrecía el pasado de Tamaulipas.

De tal forma que estos firmes antecedentes sirvieron como justificación contundente para que la rectoría sometiera a consideración de la Asamblea, la fundación del Instituto. los argumentos a la vez se centraron en la necesidad de poner en marcha cuanto antes las funciones universitarias acordes a las atribuciones que le habían sido asignadas primordialmente, relacionadas con la investigación científica y la extensión cultural, por citar las más relevantes.

Fue de esta manera como el Instituto quedó constituido, arrancando sus actividades con un pequeño equipo de trabajo conformado por su director, un secretario y una taquígrafa, según quedó aprobado.

​Años después, en febrero de 2003 fungiendo como gobernador Tomás Yarrington Ruvalcaba, la Universidad transfiere al recién creado Museo Regional de Historia de Tamaulipas las diversas colecciones museográficas, con la finalidad de conjuntar esfuerzos y acciones para impulsar y promover las actividades culturales y educativas. Actualmente la colección original del Museo de Arqueología, Antropología e Historia de la Universidad Autónoma de Tamaulipas, en custodia del Instituto de Investigaciones Históricas se exhibe públicamente para ser apreciada en lo que fue el ex asilo Vicentino, también conocido como Espacio Cultural Vicentino.